10살인 웨일스에 있는 멜디아나 마법학교를 수속 졸업한 천재소년 네기 스프링필드는
훌륭한 마법사인〈마기스텔 마기〉가 되기 위해 수행 과제로 받은 것은 일본의 학교에서 선생님을 맡는 것이였다.
교사로 부임한 네기는 자신의 정체를 숨기고 2학년 A반의 31명의 학생들과 만난다.
한편 네기는 자신의 아버지를 찾는다는 목적이 있으며 네기의 정체를 알고 있는 일부 학생들은 네기를 도우려 한다.
네기는 학생들에게 피해를 끼치고 싶지 않아 혼자서 해결하려 한다.